Die Selbstanzeige führt nicht zur Straffreiheit, wenn vor der Erstattung der Selbstanzeige dem Unternehmen oder einem Vertreter eine Prüfungsanordnung nach § 196 AO bekannt gegeben wurde. Die Selbstanzeige ist mit der Bekanntgabe der Betriebsprüfung für den sachlichen und zeitlichen Umfang der angekündigten Außenprüfung gesperrt. Eine Teilselbstanzeige ist allerdings noch möglich, um den strafrechtlichen Schaden zu begrenzen. Die Selbstanzeige ist ausgeschlossen, wenn ein Betriebsprüfer zu einer Steuerprüfung erschienen ist. Gleiches gilt auch, wenn der Prüfer der Finanzbehörde zu einer Umsatzsteuer-Nachschau oder einer Lohnsteuer-Nachschau erschienen ist.

Die Selbstanzeige führt nicht zur Straffreiheit, wenn vor der Erstattung der Selbstanzeige die Einleitung des Steuerstrafverfahrens bekanntgegeben wurde oder ein Steuerfahnder zum Zwecke strafrechtlicher Ermittlungen erschienen ist. Die strafbefreiende Selbstanzeige ist auch mit der Tatentdeckung ausgeschlossen, sofern der Täter hiervon Kenntnis hatte.

In besonders schweren Fällen der Steuerhinterziehung gemäß § 370 Abs. 3 Nr. 2-5 AO ist eine strafbefreiende Selbstanzeige nicht möglich.

Grundsätzlich gilt dies auch für Taten, durch die über 25.000 Euro Steuern pro Tat hinterzogen worden sind. Mit § 398 a AO schafft der Gesetzgeber jedoch die Möglichkeit, durch Zahlung eines sogenannten „Strafzuschlags“ auch bei erheblichen Beträgen Straffreiheit bei einer Steuerhinterziehung zu erlangen.